Subrogation de salaire par l’employeur : 10 questions/réponses

Un salarié est en arrêt de travail pour maladie (professionnelle ou non, suite à accident du travail…) et la question du maintien de son salaire et de son versement se pose. Arrive ensuite la question de la mise en place de la subrogation de maintien de salaire par l’employeur.  

Vous avez des interrogations concernant : 

• La définition de la subrogation de salaire   
• La mise en place de cette dérogation 
• Les modalités de la subrogation de salaire, son versement 
• Les avantages pour le salarié et l’entreprise 
• Les calculs à effectuer pour l’édition de la fiche de paie 

Nous avons recensé toutes les préoccupations les plus fréquentes au sujet de cette dérogation de paiement tripartite : entreprise, salarié et CPAM.

Question n°1 : que signifie la subrogation de salaire ? 

Si l’on prend la définition originelle de ce terme, il s’agit d’une dérogation qui permet à l’employeur de : 

• Verser directement au salarié les indemnités journalières auxquelles il a le droit. 
• Transmettre une indemnisation complémentaire en tant qu’employeur (on parle de salaire maintenu) 
• Se faire rembourser le montant des IJ (Indemnités journalières) par la CPAM. 

Question n°2 : quel est l’intérêt de la subrogation pour l’employeur et l’employé ? 

Le but de la subrogation est de simplifier au maximum le processus d’indemnisation pour le salarié (en évitant les écarts entre les versements IJSS (Indemnité Journalière de Sécurité Sociale) et les compléments de salaire), et côté employeur, fluidifier le maintien du salaire et donc la comptabilité associée, notamment en gestion de paie. 

En choisissant l’option de subrogation, l’employeur permet à l’employé de maintenir un niveau de rémunération pendant son absence pour maladie, et ce, même si son contrat de travail est suspendu à ce moment-là. 

Question n°3 : quelle différence entre le maintien de salaire et la subrogation ? 

Ce sont deux principes différents, l’un est obligatoire l’autre dérogatoire. 

Le maintien de salaire

Il est obligatoire pour les salariés qui ont plus d’un an d’ancienneté (ou moins, selon les dispositions plus favorables de la convention collective) et possède un délai de carence de 7 jours (sauf accord collectif). 

Question n° 4 : quel est le montant du maintien de salaire ?  

La base est de 90 % du salaire brut sur les 30 premiers jours d’indemnisation. Puis à partir du 31ème jour au 60ème jour, le maintien passe à 75% du salaire brut (à nouveau, sauf accord de branche plus favorable pour le salarié). 

La subrogation de salaire : 

Côté employeur : l’avance des IJSS est effectuée par la société qui les verse directement au salarié. S’ajoute à ceci le complément de salaire obligatoire (partiel ou total, selon les conventions). 

Dans ce cas-là, côté sécurité sociale : 

L’employeur perçoit directement les IJSS de la sécurité sociale (à la place du salarié). 

Les conditions ? La réception de l’arrêt de travail sous 48h et l’attestation de salaire remplie par l’employeur. 

Question n°5 : comment demander une subrogation ? 

Quand faire la demande de subrogation de salaire ? 

Lors du signalement d’arrêt de travail, dans la Déclaration Sociale Nominative (sur net-entreprise.fr) vous aurez la possibilité de faire cette demande de subrogation. 

Pour les entreprises non adhérentes à la DSN ?  

La demande est possible au moment de l’attestation de salaire, à destination de l’Assurance Maladie, toujours sur net-entreprise.fr ou par courrier/email. 

Question n°6 : quelles informations transmettre pour obtenir une subrogation de salaire ? 

 ✅ La date de début et de fin de la période de subrogation souhaitée.

• La date de début = début de l’arrêt de travail ;
• La date de fin correspondant au terme de la durée maximale de maintien du salaire et de la subrogation, telle qu’elle est définie par votre convention collective ou votre accord de branche. A noter, cette durée peut être inférieure à celle de l’arrêt maladie du salarié. 

✅ Le numéro du compte bancaire sur lequel verser les indemnités journalières. 

Important : la CPAM enregistre automatiquement les coordonnées bancaires. 

Question n°7 : combien de temps dure la subrogation ?

Selon votre convention collective ou vos accords de branche, une date maximale existe (généralement 6 mois). Au moment du remplissage du formulaire, veillez bien à indiquer la date maximale (possible renouvellement de l’arrêt maladie de votre salarié) et non la date de fin indiqué sur l’arrêt de travail. 

Question n°8 : Quels sont les points de vigilance lors de la déclaration des dates de l’arrêt de travail ? 

• Le respect des délais légaux pour la déclaration des dates de l’arrêt de travail est primordial. Un dépassement des délais peut entraîner des complications dans le traitement des indemnités journalières, privilégiez la réactivité que ce soit en interne ou via votre solution de gestion de paie. 

• Coordonnez vos actions avec la CPAM, vous garantissez ainsi une synchronisation optimale pour votre entreprise, l’assurance maladie et votre salarié et le bon déroulement des indemnités versées. 

• Veillez à la conservation des pièces justificatives de l’arrêt maladie : arrêt, échanges avec le salarié, communication avec la caisse d’assurance maladie. 

Question n°9 : comment se déroule la subrogation côté paie ? 

Comment gérer les IJSS en paie ? 

Selon la convention ou les accords de branche, l’employeur doit maintenir le salaire total ou partiel du salarié, tout au long de son arrêt maladie. 

Les IJSS ne sont pas soumises à cotisation et doivent ainsi être déduites du salaire brut maintenu (avant déduction de la CSG (6,20 %) et de la CRDS (0,50 %) par la CPAM). 

Comment se passe le maintien du salaire net ? 

Si l’employeur maintient le salaire net, il peut compenser la réduction des cotisations résultant de l’exonération des IJSS (sous réserve des accords collectifs et des usages en vigueur). 

Vigilance : conformément aux accords conventionnels, l’employeur peut appliquer une méthode qui impose au salarié les coûts de la CSG/CRDS associés aux IJSS. Dans cette situation, l’employé reçoit une rémunération inférieure à celle qu’il aurait perçue en travaillant. On parle alors de maintien du net « strict », qui se définit par le maintien du salaire net diminué de la CSG/CRDS sur les IJSS. 

Question n°10 : qu’en est-il du prélèvement à la source dans le cas d’une subrogation ?  

Aucun changement pour le salarié.

Côté employeur, il faut appliquer le prélèvement à la source (également appelé PAS) aux IJSS reversées au salarié en arrêt maladie. L’assiette du PAS est alors calculée sur la base du net fiscal, augmenté du montant imposable des IJSS.  

Important : concernant les IJSS maladie non professionnelle, le prélèvement à la source est effectué uniquement dans les deux premiers mois d’arrêt de travail, veillez à bien respecter ce cadre légal. 

Ne pas inclure le montant des IJSS subrogées versées dans le net imposable du bulletin de paie.  

Ceci évite tout mauvais calcul et double comptage dans la déclaration de revenus préremplie du salarié.  

A travers ces différentes réponses, nous espérons que la subrogation sera pour vous une simple formalité. Vous avez d’autres interrogations au sujet de votre comptabilité ? N’hésitez pas à creuser nos autres sujets dédiés à la fiscalité des entreprises.

Ecrit par
Clémence Aulas

Rédactrice et création de contenus. Entrepreneuriat et comptabilité, l'art de simplifier et d'expliquer ! Également passionnée par l'univers de la seconde main.